Des éléments de deux organismes sont « homologues » lorsqu'ils représentent la même structure, selon le critère de descendance évolutive, à partir d'ancêtre commun. Aucun concept n'est plus important pour permettre de débroussailler les voies de l'évolution car les homologies témoignent de la généalogie et de fausses conclusions en homologie conduisent à l'établissement d'arbre généalogiques incorrects. Les structures homologues ne se ressemblent pas nécessairement : les exemples classiques d'homologie mettent précisément en évidence que la ressemblance structurelle [les analogues] n'est pas un critère suffisant, puisque la forme et la fonction des organes homologues sont toutes deux différentes dans les exemples que l'on cite toujours. L'un d'eux consiste en l'homologie du marteau et enclume (deux os de l'oreille moyenne des mammifères) avec l'os de l'articulation de la mâchoire des reptiles; de même les poumons des vertébrés terrestres sont les homologues de la vessie natatoire des poissons osseux.

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